La Cour dresse un bilan exhaustif de la loi du 13 février 1997, qui, en créant Réseau Ferré de France (RFF), a institué une séparation entre le gestionnaire de l'infrastructure du réseau ferroviaire et l'entreprise de transport (SNCF).
Selon la Cour, cette réforme a eu indéniablement des effets positifs mais reste à ce jour inachevée. Le partage des responsabilités entre les deux établissements demeure très confus et RFF n'a pas été doté des moyens d'exercer ses missions : il emploie ainsi moins de 800 personnes alors que les effectifs de la SNCF affectés à l'infrastructure sont d'environ 55 000 (sur un total de presque 170 000 agents en 2006). Malgré des conflits récurrents entre les deux opérateurs, l'Etat s'est avéré incapable d'assurer pleinement son rôle d'arbitre et de régulateur et a, au demeurant, pris des décisions sur la base de compromis peu satisfaisants et sans fondement économique.
Par ailleurs, la Cour constate que les investissements de la SNCF et de RFF, généralement décidés par l'Etat, ont de facto donné priorité au développement du réseau, notamment les lignes à grande vitesse, plutôt qu'à son renouvellement. Afin de tenir compte de la rentabilité limitée de ces investissements, les deux établissements ont ajusté à la baisse les travaux de maintenance des lignes représentant près de la moitié du réseau et 6 % du trafic.
Enfin, la maintenance du réseau a été pénalisée par des coûts trop élevés tenant en partie à une organisation inadéquate de la SNCF ; si cette dernière a progressivement amélioré sa productivité, la Cour observe que des gisements de productivité et d'amélioration des services rendus pourraient être à présent exploités.
