Le programme d'une «philosophie première», formulé par Aristote, amène les théologiens islamiques, juifs et chrétiens du Moyen Age à modifier profondément non seulement la doctrine chrétienne traditionnelle, mais aussi le projet même d'une «philosophie première». Comment une «philosophie première» est-elle possible, si la raison finie de l'homme exclut la connaissance directe d'un Etant Premier éminent, alors que l'ampleur de la faculté rationnelle interdit une réduction à la physique ? Comment peut-on penser une métaphysique en-deçà du point de vue de l'intellect divin qui représenterait néanmoins une «philosophie première» comprenant le tout et méditant son unité ?
C'est dans le contexte du «deuxième commencement» de la métaphysique, provoqué par ces problèmes, que Jean Duns Scot (1265-1308) développe la conception d'une «philosophie première» comme science transcendantale (scientia transcendens) en se référant à Avicenne. Avec celle-ci, la métaphysique de l'Etant Premier éminent est remplacée par une métaphysique d'un Premier dans l'ordre de la connaissance, l'ontologie prend la place de l'ontothéologie pour se focaliser sur la connaissance du Premier par le moyen d'une métaphysique modale.
Par l'intermédiaire de Francisco Suarez et Christian Wolff, cette conception devient le modèle canonique pour la nouvelle détermination de la métaphysique comme philosophie transcendantale chez Emmanuel Kant. C'est en suivant le fil conducteur de cette ligne de développement, qu'on découvre le «deuxième commencement» de la métaphysique au Moyen Age pour le statut moderne de la philosophie et de la métaphysique. Il en ressort clairement de quelle façon les conceptions modernes, jusqu'à la métaphysique comme sémantique formelle universelle et comme théorie des mondes possibles, sont déterminées par ce «deuxième commencement» de la métaphysique.
