Phantom Manor narre l'histoire de Thunder Mesa, une ville au sein de l'Ouest américain, sur la colline de Boot Hill, en bordure de Frontierland. Un mystérieux manoir régit cette étrange ville. Les visiteurs venaient de partout pour admirer cette merveille d'architecture avant qu'un terrible tremblement de terre déclenché, selon les autochtones, par un esprit malveillant abritant le trésor des profondeurs de Big Thunder Mountain, ne s'abatte sur eux. Mélanie, la fille du riche propriétaire du manoir vit pourtant toujours au sein de la bâtisse. Obnubilée par la préparation de ses noces, Mélanie ne semble pas s'apercevoir des curieux faits inexpliqués survenant chez elle. Plus étrange encore, sans qu'elle ne sache pourquoi, Mélanie semble être la proie d'un esprit facétieux qu'elle surnommera "Le Phantom". Quels secret recèle cet étrange manoir ? Mélanie va-t-elle pouvoir braver ses mésaventures et se construire loin de la ville la plus crainte du Far West ?
