Bologne, 1858. Sur ordre de l'Inquisition, des policiers bolonais saisissent le fils d'un commerçant juif de la ville, Edgardo Mortara, et le conduisent dans un monastère romain afin qu'il devienne un catholique modèle. Son crime ? Avoir été baptisé en secret par la servante de la famille, alors qu'elle le jugeait à l'article de la mort. Edgardo ayant survécu devient ainsi l'enjeu d'une lutte entre la hiérarchie catholique et la communauté juive de Bologne, puis d'Italie ; entre la volonté missionnaire, au besoin par la force, du Vatican et l'esprit libéral et républicain qui gagne du terrain.
Au centre de la querelle, les intentions de Pie IX. Depuis son élection, en 1846, celui-ci était apparu comme un pape libéral, amnistiant les prisonniers politiques, laïcisant la censure, créant un Conseil des ministres et allant jusqu'à faire déposer les portes du ghetto. Et voilà que l'affaire Mortara ravive la question de l'antisémitisme catholique, au moment où l'aspiration italienne plaçait l'Eglise sur la défensive.
C'est toute l'Europe qui se saisit de l'affaire : les Rothschild se mobilisent, de Londres à Paris ; l'Amérique s'inquiète ; Napoléon III intervient et les partisans du Risorgimento, autour de Mazzini et Garibaldi, s'en prennent à la domination jugée réactionnaire de l'Eglise. A sa manière, l'affaire Mortara crée dans l'Italie en quête d'unité un traumatisme comparable à celui de l'affaire Dreyfus en France.
