En voulant ressusciter leur mère, Edward et Alphonse Elric ont utilisé une
technique interdite relevant du domaine de l'alchimie : la transmutation
humaine. Seulement, l'expérience a mal tourné : Edward a perdu un bras
et une jambe, et Alphonse son corps, son esprit se retrouvant prisonnier
d'une armure. Devenu alchimiste d'Etat, Edward, surnommé «Fullmetal
Alchemist», se lance, avec l'aide de son frère, à la recherche de la
pierre philosophale, leur seule chance de retrouver leur état initial.
Aux confins des régions de l'Est, un groupe de terroristes sabote régulièrement
les voies ferrées, au grand mécontentement de la population ; la
grogne monte contre l'armée, incapable de stopper les agissements des
poseurs de bombes.
Les frères Elric, de passage dans la région, rencontrent par hasard le
colonel Mustang et le sous-lieutenant Havoc qui enquêtent discrètement sur
ce groupe terroriste et sur une série d'enlèvements que Mustang pense liée
à l'affaire. Edward et Alphonse se retrouvent donc amenés à aider le Flame
Alchemist dans le démantèlement de cette étrange bande de malfaiteurs...