Au terme d'une lutte acharnée, Megaman et ses compagnons parviennent finalement à éliminer le robot blanc venu sur Terre pour y faire régner la plus impitoyable des justices. Mais celui-ci avait scellé dans son corps les terribles stardroïdes, des robots de l'espace dont l'unique but est de détruire l'univers ! Sitôt libérés, ces derniers se mettent à semer le chaos partout sur leur passage, après quoi leur chef fait apparaître une mystérieuse lune noire et annonce que l'humanité sera anéantie dans 24 heures. L'intervention d'un mystérieux combattant nommé Duo suffira-t-elle à sauver la planète de la menace qui pèse sur elle ? À moins que les cristaux d'énergie du docteur Cossack ne donnent à ses robots la force de vaincre leurs adversaires ? Wily, l'ennemi juré de Megaman, pourrait bien lui aussi avoir un rôle à jouer...
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