La querelle du panthéisme apparaît comme un des épisodes de la question de la laïcité qui aboutira à la séparation de l'Eglise et de l'Etat. Elle vise le monopole universitaire sur les institutions de l'enseignement public et atteint son point culminant dans l'Essai sur le panthéisme (1843) de l'abbé Maret et dans les discours de Cousin à la Chambre des Pairs au printemps 1844.
Bien qu'à peu près contemporaine du débat philosophique allemand, à propos duquel on évoquera les noms de Feuerbach et de Strauss, la polémique prend à Paris une tournure immédiatement politique, loin des retombées athéistes de la spéculation d'outre Rhin.
En effet dans son rôle d'administrateur, en essayant de fonder une «philosophie d'Etat», Cousin affirmait l'autonomie de la morale vis-à-vis d'une théodicée restreinte, simple couronnement et non fondement de la doctrine. Dans les années 30, c'est le «parti prêtre» qui réclame la suppression de la théodicée, jugée comme une prétention exagérée de la part de la philosophie de s'avancer sur le terrain de la théologie. Dès lors, cette Nouvelle Théodicée est une compilation, un traité élémentaire à l'usage des classes.
