L'Université de Paris est, à la fin du XIIIe siècle, le plus grand centre de savoir au monde, accueillant enseignants et étudiants de toute la chrétienté. Mais les novateurs sont persécutés, et certains se réfugient à l'étranger. Pourquoi ?
Les défenseurs du dogme catholique s'inquiètent de l'indépendance intellectuelle des maîtres parisiens, perçue comme une menace contre la foi. L'évêque de Paris condamne les « erreurs » diffusées à la faculté des arts et l'inquisiteur de France accuse des enseignants d'hérésie... Mais voici qu'un cardinal ouvert à l'innovation, logicien et médecin, est élu au Saint-Siège. Poursuivant l'oeuvre du grand théologien Thomas d'Aquin, ce pape, Jean XXI, veut réconcilier science et religion.
Les intégristes n'aiment pas que l'on confronte foi et raison. S'ils ne sont pas parvenus à faire taire les libres-penseurs, ils peuvent les faire mourir. Le pape Jean XXI, le philosophe Siger de Brabant et bien d'autres connaissent une mort violente, jamais expliquée. Roger Bacon, promoteur de la science expérimentale, est emprisonné pour vingt ans. Thomas d'Aquin, mort depuis peu, loin d'être béatifié, est la cible d'un procès posthume.
Cette tourmente, bien plus violente que ne le sera l'« affaire Galilée », a été quasiment gommée de l'histoire. Les rares documents qui n'ont pas été brûlés ou censurés permettent d'entrevoir un véritable complot, impliquant les plus puissants princes de l'Église.
