Lorsque le Directoire décide d'envoyer le général Bonaparte, auréolé de la gloire toute fraîche de la campagne d'Italie, conquérir l'Égypte, ce n'est pas sans arrière-pensée. Vainqueur, il devient plus que jamais le bras armé de la France ; vaincu, il est moins dangereux politiquement. Ce calcul, qui se veut doublement gagnant s'avère perdant sur toute la ligne.
On ne retient que la bataille des pyramides - du haut desquelles « quarante siècles » étaient censés contempler une armée qui ne pouvait pas les voir depuis le champ de bataille - et la redécouverte d'un Orient lointain et mystérieux qui n'est pas sans laisser, consciemment ou non, un léger arrière-goût de croisade.
Il entreprend un travail de fonds, de façon à doter le pays de structures juridiques, administratives, mais aussi scientifiques directement inspirées du modèle français. Le 26 août 1798, un Institut d'Égypte est créé sur le modèle de l'Institut de France. En quatre sections, l'Institut d'Égypte réunissait les plus brillants membres de la Commission des Sciences et des Arts, les cent cinquante-six savants que le général avait joints à l'expédition, une petite troupe inapte au combat mais aussi précieuse
que les ânes, du moins si l'on en croit la légende de la bataille des pyramides ! Pour la plupart ingénieurs issus des Ponts-et-Chaussées ou de Polytechnique, ils relevèrent, étudièrent tout ce qui, de la Méditerranée à la Cataracte, sans oublier la mer Rouge et l'Arabie, pouvait l'être, amassant, jusqu'à la défaite de Canope, une somme immense de notes et documents, dont les soixante-deux séances de l'Institut d'Égypte, au fil de ces seulement trois années, donnent une idée vertigineuse.
