2552. Après avoir échappé de justesse à la bataille de Reach contre la terrible Alliance Covenante, l'équipage du Pillar of Autumn - dont font partie le Spartan John-117 et son IA Cortana - est contraint de disparaître dans le sous-espace. Leur voyage les conduit devant un mystère ancestral et un combat plus rude encore. Car aux confins de l'univers flotte un gigantesque et magnifique anneau-monde artificiel. Le seul espoir de survie de l'équipage est de s'y poser en catastrophe et d'affronter les forces covenantes au sol.
Bientôt, les humains découvrent que ce monde mystérieux cache de sombres secrets. Construit cent mille ans plus tôt par la civilisation disparue des Forerunners, ce « Halo » est considéré comme un artefact sacré pour les Covenants. Ceux-ci y voient un moyen d'atteindre la transcendance et sont prêts à tout pour le contrôler. Engagés dans une guerre impitoyable, le Major et Cortana devront s'enfoncer dans les entrailles du Halo et découvrir son véritable objectif. Mais un ennemi bien plus monstrueux et vicieux que les Covenants menace de détruire toute vie pensante sur le Halo et dans l'ensemble de la galaxie...
