Quel fut le rôle de l'Inquisition moderne dans la construction de la monarchie confessionnelle en Espagne ? La réponse est inscrite dans l'évolution même du tribunal entre la fin du XVe et le milieu du XVIe siècle : sa période de fondation et de consolidation, entre la bulle de Sixte IV et les Nouvelles Instructions promulguées par Fernando de Valdés.
Issu d'une Inquisition médiévale inféodée à Rome, exclusivement ecclésiastique, le Saint-Office est né de la volonté à la fois politique et religieuse des Rois Catholiques d'asseoir leur double monarchie sur l'unité et la pureté de foi. L'Inquisition espagnole - royale et non plus pontificale - en fut tout ensemble la conséquence et l'instrument. La nature ambiguë de sa fondation lui conférant un caractère mixte elle fut intégrée dans le système «polysynodial» de la nouvelle monarchie. Cette intrumentalisation se fit à travers la Suprême, constituée en Conseil royal ; sans que l'Inquisition cessât d'être pour autant une instance ecclésiastique : le Conseil était d'Etat mais l'Inquisiteur général était d'Eglise, choisi par le roi certes, mais nommé par le pape. Et si le Saint-Office fut à l'évidence au service de la Couronne, celle-ci le fut aussi, sous certains aspects, de l'Inquisition : subtil équilibre de dépendance réciproque au bénéfice, sans doute, de la monarchie.
La nouvelle Inquisition avait contribué à poser les fondements de la monarchie confessionnelle à la fin du XVe siècle, et le lien d'interdépendance se resserra au milieu du XVIe. En effet, dans le processus de «confessionalisation» engagé et confirmé par la Contre-Réforme et le concile de Trente, le monarque espagnol (monarque catholique par excellence) disposait avec l'Inquisition d'un formidable instrument ; car, les intérêts de celle-ci - institution d'Eglise et d'Etat - rejoignaient ceux de la Couronne. Créée à la fin du XVe siècle pour résoudre un problème spécifique, l'Inquisition espagnole aurait dû disparaître une fois sa «mission» accomplie ; mais les hasards dynastiques et la conjoncture idéologique européenne lui donnèrent un nouvel élan, une mission renouvelée et plus proche de sa vocation naturelle.
